入籍日本父母怎么办？
对于您的问题给一点自己的见解，仅供参考。 首先，需要明确的是日本不承认双重国籍，因此在中国有户口的日本人要么选择注销中国户籍（极少数情况），要么选择加入日本国籍放弃中国国籍；同样，如果父母有一方或者双方是日本人，孩子出生时在国籍一栏亦会填写“日本”。但是，在日本政府承认的双国籍状态下，持有外国国籍的人可以同时拥有日本国籍并且享受日本的福利。 但是，自2015年日本修订了国籍法以后，双国籍状态不复存在，成为事实上的单国籍国家。在此情形下，无论父母任何一方是外国人，子女出生时均属于无国籍状态（注：仅法律上不存在国籍，并不会影响子女的国籍取得时间，此时子女依然属于出生地国的公民并享有该国的福利）。
根据您的描述，您的儿子是在中国出生的，且父亲是日本人因此属于纯血统日本人，那么他理所当然就是日本国籍。而母亲因为是中国人所以属于无国籍状态。 接下来，根据新的《国籍法》，分析您儿子的国籍问题、以及如何获得日本的国籍。
新《国籍法》第五条规定，因出生在意大利等8个国家的华侨可以申请归化中国国籍。由此，您可以根据这一条款为您儿子申请归化中国国籍。但由于您妻子是中国人，而且您也是拥有日本国籍的纯血统日本人，因此您儿子要成为中国公民并享有国民待遇，必须满足一个前提条件——取消日本国籍。也就是说，如果您儿子想继续保持日本国籍，则无法通过归化取得中国国籍；反之，如果要成为中国国籍，就必须先放弃持有的日本国籍。
至于申请流程方面，归化的申请手续相较于入籍显得较为简单。但无论是归化还是入籍，都是要求申请人本人亲自到当地的出入境管理部门办理，且提交的所有材料均须为原件。 所以从结果上来看，虽然您在儿子出生时就为他准备了日本户籍和护照，但是他最后并不是以日本人的身份生活下去。而是作为中国人，持有中华人民共和国的护照和签证，并在日本国境内出入。