日本有文学部吗？
当然有，而且非常完善。 早稻田大学，京都大学，大阪大学这样的国立大学的文学部就不说了，就连明治大学这样“三本”学校的文学部都非常棒。（当然和一桥比还是有点差距的...）
以我所在的明治大文学部为例，分为四个学科，每个学科下设置多个专题研究方向。例如我在的国际关系学科的亚洲太平洋问题研究方向就有以下研究课题： 这些研究课题由老师制定，如果学习方向和老师感兴趣的方向一致的话可以去申请，学校会根据情况给你分配导师。导师一般是指导3～4个学生，根据每个学生不同情况来定研究的深度和广度。
因为文学部的概念在日本是大于中国的，在中国文学是指语言文学，而在日本文学还包括历史，哲学，社会学等。所以你的专业是日语，那就可以报任何文科专业，而不用局限于语言文学类。
在本科阶段，除了个别大学设有理科，其他基本都是文理科共通，也就是不管是什么专业都是要学理工科的课程。但是到了研究生阶段，就要分具体的研究方向了。有的需要学数理化的课程，而有的是纯文科理论课。
不过即使本科读的是理科，到了研究生再选文科也是可以的。我有很多朋友就是理工科的本科生，后来读了文科的研究生。因为日本的文科是不考高数的！